その後、2006年の市長選挙で『こども病院の移転計画を医療行政の観点から見直す』とした新人の吉田宏氏が現職を破って当選。吉田市長は公約にもとづき、2007年4月にアイランドシティ設備事業及び市立病院統合移転事業についての検証・検討チームを設置し、市立病院の統合・移転事業についての検証・検討に入った。

　2007年12月に発表された検証・検討報告書では、『こども病院・感染症センターと市民病院の統合移転について、こども病院に周産期医療を加えて単独でアイランドシティに移転すべきだ』と述べている。この検討報告を受けて福岡市は2008年7月、福岡市立こども病院（中央区）の移転先としてアイランドシティとすることを決定。そして、用地取得に関する議決後の2009年2月、まちづくりゾーン東側の敷地3.5haを44億4500万円で購入することを決めるに至った。